на своем сайте сталкивался с точно такой-же проблемой. Многие хостеры, хотя и не афишируют, ограничивают нагрузку, которую может создавать на их сервак один сайт. И когда идет активная индексация форума как своим поисковым движком, так и ботами поисковиков - нашрузка резко возрастает и хостинг начинает притормаживать сайт. Выходов есть несколько - запрещать индексацию своим поисковиком (или настраивать ее только на совсем ночное время, запрещать индексацию ботами (оставить 1-2 поисковика типа яндекс и гугл, остальные нафиг), искать хостра без ограничений таких, переходить на более новую версию движка.